Метод изучения круговой поляризации флуоресценции является эмиссионным аналогом кругового дихроизма и отражает оптическую активность хромофора в его электронно-возбужденном состоянии. Так как только люминесцентные хромофоры обусловливают спектры круговой поляризации флуоресценции, то этот метод является более избирательным, чем метод кругового дихроизма, при котором спектр обусловлен всеми адсорбирующими хромофорами. Особенно удобен такой анализ для изучения иммуноглобулинов, поскольку в каждом домене имеется очень мало (от одного до трех) остатков триптофана и, кроме того, они занимают сходное пространственное положение.
Если оптически активная система обладает способностью к флуоресценции, то оказывается возможным измерить еще два параметра оптической активности. Предположим, что для возбуждения используется свет с круговой поляризацией, а весь излученный свет удается регистрировать. Поскольку интенсивность излучения пропорциональна количеству поглощенного света, разность интенсивностей излучения, отвечающих возбуждению при помощи лево- и правополяризованного света, будет давать разностный спектр поглощения (в данном случае — круговой дихроизм) только флуоресцирующих хромофоров.
Так, например, если молекула белка содержит два остатка триптофана, из которых лищь один является флуоресцирующим, сигнал обычного КД будет просто суммой КД обоих этих остатков. Круговой дихроизм, регистрируемый по флуоресценции, будет относиться только к одному из остатков триптофана и сигнал другого можно будет найти путем вычитания. Для возбуждения можно использовать неполяризованный свет, но измерять разность интенсивностей лево- и правополяризованного излучаемого света. Такой подход позволяет получить круговой дихроизм хромофора, отвечающий его конфигурации в возбужденном состоянии, в отличие от всех прочих методов измерения КД, регистрирующих конфигурации основного состояния.
Приборы, использующиеся в данном методе, называют спектрофлуорополяриметрами, а сам метод изучения круговой поляризации флуоресценции - спектрофлуорополяриметрией.